排污收费制度是环境管理的一项重要制度，目的是促进排污单位加强经营管理，节约和综合利用资源，治理污染。水污染防治法规定“排污即收费”，也就是说对排污单位只要排放水污染物，不管是否超标，都要征收排污费。不像其他一些环境保护法律所规定的只征收超标排污费。水污染防治法之所以规定“排污即收费”的特殊排污收费制度，是由水的流动性和整体性的特点决定的，只有控制污水排放量才能使水质得到改善，征收排污费这一经济手段是实现有效压缩排污量的重要办法。
水污染防治法规定，企业事业单位向水体排污染物的，按照国家规定缴纳排污费；超过国家或者地方规定的污染物排放标准的，按照国家规定缴纳超标准排污费。对两种排污费都规定“按照国家规定缴纳”，这里“按照国家规定”，目前主要是指1982年2月国务院颁发的《征收排污费暂行办法》、1993年7月国家计委、财政部“关于征收污水排污费的通知”、1992年4月国家物价局、财政部“关于发布环保系统行政事业收费项目及标准的通知”。这些规定主要对排污费、超标排污费征收标准，排污费的收支、使用与不征收，超标排污费与排污费不重复征收等作了规定。这里需要说明的是，目前国家对排污收费办法未作统一规定，现行做法是由省级物价部门会同同级财政部门规定收费办法。
超标排污单位缴纳了超标排污费并非就可以合法超标排污了，水污染防治法还规定，超标排污的企业事业单位必须制定规划，进行治理，并将治理规划报所在地的县级以上地方人民政府环境保护保护部门备案。这种治理规划实际上就是排污单位关于治理目标、治理措施、达标期限的计划。1996年8月国务院发布了《关于环境保护若干问题的决定》，对超标排污单位的治理期限和处罚措施提出了进一步的要求，即：“自本决定发布之日起，现有排污单位超标排放污染物的，由县级以上人民政府或其委托的环境保护行政主管部门依法责令限期治理。限期治理的期限可视不同情况定为1到3年；对逾期未完成治理任务的，由县级以上人民政府依法责令关闭、停止或转产。”