根据《条例》确定的原则，商务主管部门是商业特许经营活动的备案管理机关。《备案管理办法》根据《条例》的规定，明确了两级备案机关，即在省、自治区、直辖市范围内从事商业特许经营活动的，向特许人所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案；跨省、自治区、直辖市范围从事特许经营活动的，向商务部备案。
根据《备案管理办法》，商务主管部门将对有关备案材料进行审核，并在网上予以公开，接受社会监督。商务主管部门有权对违反《条例》和《备案管理办法》的违法行为依法予以处罚。《备案管理办法》同时明确了备案的方法与程序，便于行政部门高效规范地履行职能，加强对商业特许经营活动的引导和监督。