对这一问题应从以下两个方面予以回答：
一、法律有关行政复议的规定与行政复议法的规定不一致的。
行政复议法的立法指导思想发生的很大的转变。行政复议条例及行政复议条例前后的行政复议立法，过分强调行政复议是行政机关内部的自我监督机制，弱化了行政复议同时也应该是行政相对人寻求权利救济的一条有效途径，弱化了行政复议制度同时也是行政相对人的行政救济权利的保护制度。行政复议条例中虽然也规定了便民原则，但是在其后的规定中，或者是在实际的施行中，这一原则并没有得到很好地体现。一方面对行政相对人行使行政复议权时，规定了种种的限制，另一方面又把行政复议的主动权赋予了行政复议机关。而行政复议法强调立法的出发点一是要保障公民、法人和其他组织充分行使行政救济权，一是要加强行政机关内部的自我监督机制，强调便民和效率的原则。许多条文的确定都是从便民原则的角度出发，力求有利于行政相对人申请行政复议，有利于行政相对人获得行政救济并穷尽行政救济。这一思想体现在行政复议法规定中主要是，将行政复议申请期限由十五日放宽到六十日，扩大行政复议的受案范围，减少赋予行政复议机关以限制权的规定，以及将行政复议管辖交由行政复议申请人依法自主选择确定等等。这就使得在行政复议法出台之前的许多法律在行政复议方面的有关规定，与行政复议法的规定产生了不一致。因此，行政复议法明确规定，行政复议法施行前公布的法律有关行政复议的规定与行政复议法的规定不一致的，以行政复议法的规定为准。
根据行政复议法的这一规定，在其于1999年10月1日施行之前颁布的现行有效的法律中，凡有与行政复议法有不同规定的部分，在行政复议法实施后，都自动失去法律效力，一律按行政复议法的规定执行。国务院于1990年制定了行政复议条例，在条例实施之前和之后出台的许多单行的法律中，对有关行政管理领域内的行政复议作出了零散的规定，主要是在行政复议的申请期限、管辖以及受案范围等方面的规定不同于行政复议法的有关规定，因此都要以行政复议法的规定为准，按照行政复议法的规定执行。例如，治安管理处罚条例第三十九条、进出口商品检验法第二十八条、邮政法第三十五条、传染病防治法第三十六条、商标法第三十六条和第三十九条、税收征管法第五十六条，以及专利法、出境管理法、入境管理法、食品卫生法等法律中都有关于行政复议的规定散见其中。这其中，商标法、专利法以及税收征管法在近期都进行了修改，其有关行政复议的规定，已经与行政复议法保持一致。
二、行政法规、地方性法规或者规章中与行政复议法的有关规定不一致的。
除了行政复议条例之外，在其之前，国务院出台的许多其他的行政法规中也有关于行政复议的规定，例如，企业法人登记管理条例第三十二条、盐业管理条例第三十条，社会团体登记管理条例等等。行政复议条例前后实施八年多，在此基础上，国家许多部委都相应形成了有关在本系统内部具体实施行政复议的规章，或者在其他规范性文件中有关行政复议问题的规定，例如，技术监督行政复议实施办法等等；地方人大制定的大量的地方性法规中、地方人民政府制定的大量的规章中也都有关于行政复议的规定。这些行政法规、规章、地方性法规、地方人民政府规章，以及其他的规范性文件，从法律的层级效力上说，它们的效力自然低于法律，因此其规定中有不同于法律的部分，当然应该以法律的规定为准，按照法律的规定执行。