企业认为行政机关侵犯其合法的经营自主权的，是否可以申请行政复议

这里的经营自主权主要是指法律、法规赋予国有企业或集体所有制企业对所经营财产的占有、使用、收益和处分权、生产经营计划权、物资选购权、财务管理权、劳动管理权、产品销售权、工资津贴管理权、经营方式选择权、用人权等。赋予企业经营自主权是搞活企业的必要措施，保护企业的经营自主权，使企业真正成为自主经营、自负盈亏的商品生产者和经营者，是建立社会主义市场经济的内在要求，是深化经济体制改革的重要环节。企业的经营自主权是法律、法规赋予企业的法定权利。因此，企业的经营自主权受法律保护，行政机关干预企业的经营，侵犯企业合法的经营自主权，企业可以申请行政复议。
私有企业、中外合资企业、外资企业等各种企业因所有制不同，企业所享有的经营自主权的范围也不一样，它们的经营自主权同样也受法律保护，如果行政机关侵犯其合法的生产经营自主权的，也可以申请行政复议。