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两岸货币清算机制需要持续推动并加以完善，在这一过程中会有诸多相关问题需要研究和解决。
第一，清算行的选择问题。根据《海峡两岸货币清算合作备忘录》，两岸货币清算机制将在mou生效之日，也就是今年10月底前正式建立，并将在后续合作中不断完善。在此之前要确定双方的清算银行。大陆方面将按照公平、公正、公开的原则，从目前已获准在台湾营业的中国银行台北分行和交通银行台北分行中，选择一家具有丰富清算经验、拥有完备网络、熟悉两岸金融管理法规政策的银行，担任台湾人民币业务清算行。台湾货币管理机构为遴选新台币现钞清算行提出两个标准：第一、必须在大陆有分行；第二、必须财务健全。目前有9家银行在大陆设有分行，包括：国泰世华、一银、土银、彰银、合库、华银、中国信托、台银与兆丰。台湾银行与兆丰银行较被业界看好，其中外汇龙头兆丰银行人民币存款量近80亿元，稳坐岛内银行人民币存量之冠。选择试点城市的三个方向是：大陆的重要城市、台商多的城市、陆客来台观光多的城市。
第二，汇率形成机制问题。一般说来，两个经济体的银行间连接“全球银行间金融电信协会系统（swift）”后，签署相关协议并确定兑换汇率即可进行货币清算。但这个兑换汇率该如何确定需要两岸货币管理机构进行协商。是由两岸货币管理机构定期公布官价，还是该成立一个银行间的两币交易市场？台湾实行完全浮动汇率制，大陆实行有管理的浮动汇率制，要发挥两币直接兑换的功效，需要考虑如何建立直接而且有效率的最佳汇率形成机制。
第三，人民币回流机制问题。由于台湾开放大陆企业投资岛内时间尚短，大陆台资是台湾陆资的数百倍，台湾对人民币的需求明显会远大于大陆对新台币的需求。两岸建立货币清算机制后，可以预期会有大量人民币流入台湾，应该考虑在缺乏相应新台币流入大陆的情况下，人民币如何回流的问题。目前台湾当局拟在mou生效时，同步推出开放企业在台发行人民币计价债券等多项措施，并协助岛内金融业争取更多大陆境外合格机构投资人（qfii）额度，以扩大国内人民币市场商机，从而形成人民币回流渠道。但有些业务或商品的形成，除需大陆金融管理部门批准外，还须视市场需求而定，如开放企业在台发行人民币计价债券，就要考虑到企业实际募资的需求情况。
第四，相关的金融业务开放问题。为配合两岸货币清算机制建立，台湾当局将从银行、保险、证券三个领域推出六大开放措施：一是境内外汇指定银行（dbu）办理人民币存款、放款及汇款业务；二是建立“人民币跨行通汇系统”；三是开放保险业发行人民币计价保险商品；四是开放企业在台发行人民币计价债券；五是开放投信事业发行人民币计价基金；六是开放证券商复委托投资大陆地区有价证券。9月5日，台湾当局正式通过“两岸特色金融业务计划”，将在2014年2月底前落实推动两岸金融合作的政策措施，包括放宽大陆境内合格机构投资者（qdii）的赴台投资额度、开放岛内券商买卖大陆有价证券等10大亮点举措。对此，大陆方面也应考虑相应的配套措施，长远来看，扩大两岸金融开放与大陆实施有管制的资本流动政策并不矛盾，大陆的金融开放对提升自身竞争力也有助益。
第一，清算行的选择问题。根据《海峡两岸货币清算合作备忘录》，两岸货币清算机制将在mou生效之日，也就是今年10月底前正式建立，并将在后续合作中不断完善。在此之前要确定双方的清算银行。大陆方面将按照公平、公正、公开的原则，从目前已获准在台湾营业的中国银行台北分行和交通银行台北分行中，选择一家具有丰富清算经验、拥有完备网络、熟悉两岸金融管理法规政策的银行，担任台湾人民币业务清算行。台湾货币管理机构为遴选新台币现钞清算行提出两个标准：第一、必须在大陆有分行；第二、必须财务健全。目前有9家银行在大陆设有分行，包括：国泰世华、一银、土银、彰银、合库、华银、中国信托、台银与兆丰。台湾银行与兆丰银行较被业界看好，其中外汇龙头兆丰银行人民币存款量近80亿元，稳坐岛内银行人民币存量之冠。选择试点城市的三个方向是：大陆的重要城市、台商多的城市、陆客来台观光多的城市。
第二，汇率形成机制问题。一般说来，两个经济体的银行间连接“全球银行间金融电信协会系统（swift）”后，签署相关协议并确定兑换汇率即可进行货币清算。但这个兑换汇率该如何确定需要两岸货币管理机构进行协商。是由两岸货币管理机构定期公布官价，还是该成立一个银行间的两币交易市场？台湾实行完全浮动汇率制，大陆实行有管理的浮动汇率制，要发挥两币直接兑换的功效，需要考虑如何建立直接而且有效率的最佳汇率形成机制。
第三，人民币回流机制问题。由于台湾开放大陆企业投资岛内时间尚短，大陆台资是台湾陆资的数百倍，台湾对人民币的需求明显会远大于大陆对新台币的需求。两岸建立货币清算机制后，可以预期会有大量人民币流入台湾，应该考虑在缺乏相应新台币流入大陆的情况下，人民币如何回流的问题。目前台湾当局拟在mou生效时，同步推出开放企业在台发行人民币计价债券等多项措施，并协助岛内金融业争取更多大陆境外合格机构投资人（qfii）额度，以扩大国内人民币市场商机，从而形成人民币回流渠道。但有些业务或商品的形成，除需大陆金融管理部门批准外，还须视市场需求而定，如开放企业在台发行人民币计价债券，就要考虑到企业实际募资的需求情况。
第四，相关的金融业务开放问题。为配合两岸货币清算机制建立，台湾当局将从银行、保险、证券三个领域推出六大开放措施：一是境内外汇指定银行（dbu）办理人民币存款、放款及汇款业务；二是建立“人民币跨行通汇系统”；三是开放保险业发行人民币计价保险商品；四是开放企业在台发行人民币计价债券；五是开放投信事业发行人民币计价基金；六是开放证券商复委托投资大陆地区有价证券。9月5日，台湾当局正式通过“两岸特色金融业务计划”，将在2014年2月底前落实推动两岸金融合作的政策措施，包括放宽大陆境内合格机构投资者（qdii）的赴台投资额度、开放岛内券商买卖大陆有价证券等10大亮点举措。对此，大陆方面也应考虑相应的配套措施，长远来看，扩大两岸金融开放与大陆实施有管制的资本流动政策并不矛盾，大陆的金融开放对提升自身竞争力也有助益。