首先在行政级别上，两个岗位不分伯仲。杭州是浙江的省会，南京是江苏的省会，两个城市都是我国15个副省级城市之一。按照副省级城市的行政配置，四家班子主要领导都是副部级干部，由中央任免。其中，市委书记一般都由省委常委兼任，部分时段可能会有由省委副书记兼任的情况，两个岗位相互间的交流属于平级调动，没有本质区别。
既然行政级别没有差距，接下来要比较两个岗位的优劣高下只能从两个方面着手：
一是经济体量。经济体量越大，越发达，意味着市委书记掌握的财政资源越多，对于工作的推动越有利，越容易做出成绩为仕途铺路。2022年，杭州的地区生产总值18753亿元，在15座副省级城市中排名第五，财政收入2451亿元，在副省级城市中排名第二，居全国第四；南京地区生产总值16907亿元，在副省级城市中排第六，财政收入1558亿元，在副省级城市中排第六。两个城市gdp差距不大，但财政收入差距接近1000亿元，杭州市委书记在推进工作中的底气因此会比南京市委书记更足。
除了经济体量，事实上杭州的人口规模也比南京大。公开数据显示，截止到2021年底，杭州的总人口为1237万人，而南京只有942万人，杭州差不多比南京要多出一个中等规模的城市人口。人多意味着事多，领导需要管的面更宽更广，岗位的价值越大。单从经济和人口等方面考虑，杭州市委书记已然隐隐压南京市委书记一头，与南京市委书记拉开了差距。
二是发展前景。作为两座发达地区的省会城市，又同是副省级城市，不可否认两座城市的主要领导都有较好的发展前景。以市委书记为例，近十年来，杭州经历了5任市委书记，有三位走上了正部级以上岗位，其中1位现任中央政治局委员，为副国级；1位为省委书记，正部；1位是直辖市市长，也是正部。走上正部及以上岗位的占比超过60%。南京同样也经历了5任市委书记，目前只有两位走上正部级以上岗位，其中1位现任国务委员，为副国级；1位为省政协主席，正部级。走上正部及以上岗位的占比为40%。无论提拔岗位的数量还是质量，南京市委书记的成色都不如杭州市委书记。
综上，从现阶段看南京市委书记和杭州市委书记比，岗位的含金量是处于下风的。不过此一时彼一时，两个岗位都是同等量级的，世易时移未来南京市委书记是否反过来会压杭州市委书记一头犹未可知。