监理工程师能注册在分公司吗

不能。
从事建筑活动的专业技术人员，应当依法取得相应的执业资格证书，并在执业资格证书许可的范围内从事建筑活动。取得资格证书并受聘于一个建设工程勘察、设计、施工、监理、招标代理、造价咨询等单位进行注册。