饮水机是利用空气压力原理工作的，在取水的同时，等量的空气也进入饮水机中。根据调查，即便是清洁的环境中，空气中也有4000个/m3左右的细菌。专家指出，室内空气中同时存在一氧化碳、烟雾毒物以及飘尘和微生物，会随空气而带入饮水机中从而污染原纯净水。水体中的微生物，如藻类和病菌经过一定时间的繁殖，会达到危害人体健康的浓度，导致饮水机的二次污染。
据北京有关部门对使用桶装水家庭的抽样调查，40%左右的家庭从未清洗过饮水机，而清洗过的家庭中有87%的只是自己简单擦洗一下，达不到卫生标准。有研究表明，一旦饮水机受到污染，饮用水再纯净也没有用，饮水机只有定期清洗消毒才能保障饮用卫生安全。正常情况下，瓶装水的使用期一般为半个月左右，最佳为一个星期，最长为一个月，而饮水机的清洗消毒一般以夏季1-2次/月，冬季1次/月为最佳。