关于复议申请的期限问题，国务院制定的《行政复议条例》曾规定，公民、法人或者其他组织向有管辖权的行政机关申请复议，应当在知道该具体行政行为之日起十五日内提出，法律、法规另有规定的的除外。因不可抗力或者其他特殊情况耽误法定申请期限的，在障碍消除后的十日内，可以申请延长期限，是否准许，由有管辖权的行政机关决定。这次制定行政复议法，对条例关于复议申请期限的规定作了调整，一是适当延长了申请复议的期限，将公民、法人或者其他组织提出行政复议申请的期限由知道情况之日起“十五日内”，改为了“六十日内”；二是对因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的，规定了申请期限可以自障碍消除之日起自动顺延，取消了延长期限需要向有管辖权的行政机关申请的规定。这两项内容是根据十多年来我国行政复议实践作出的修改。
行政复议法第九条第一款规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过六十日的除外。为什么规定申请复议的期限为“六十日”，主要考虑是：
第一、从当前复议实践看，随着计划经济向市场经济的转变，行政管理也日趋多样化，内容也更加复杂，渗透到了社会生活的各个方面。公民、法人或者其他社会组织与行政管理机关在具体行政行为问题上产生争议是不可避免的。但对于一个老百姓来说认为自己受到了侵害，往往不知道采取什么补救措施，知道了救济途径又很难在短时间内找出确凿的理由和依据提出复议申请或者提起行政诉讼以维护自己的合法权益，一般是需要一定的时间进行了解或者寻求法律上的帮助，因此，为了更有利于保护公民、法人或者其他组织的合法权益，使那些准备申请行政复议的行政管理相对人不至于因为时间太紧而丧失了申请行政复议的权利，本条将申请复议的期限适当延长，明确规定为“六十日”
第二、本法第七条规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为所依据的规定不合法，对具体行政行为申请行政复议时，可以一并向行政复议机关提出对该规定的审查申请（当然规定不合国务院部委规章和地方人民政府规章），首次将对抽象行政行为的审查纳入了行政复议的范围，行政管理相对人如果要根据这一规定提出附带审查抽象行政行为的复议申请，难度会更大，很多都需要有律师或者有关法律专家的帮助，规定“六十日”，是适应扩大了的行政复议范围的需要。
第三、从其他国家和地区关于行政复议申请期限的规定看，一般也超过了十五日，大多规定为三十日或者六十日，如：日本规定为六十日，韩国和我国台湾规定为三十日。
第四、从现有的一些单行法律关于行政复议申请期限的规定看，有些也超过了“十五日”，如：“中华人民共和国税收征收管理法”第五十六条规定：“纳税人、义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照法律、行政法规的规定缴纳或者解缴税款及滞纳金，然后可以在收到税务机关填发的缴款凭证之日起六十日内向上一级税务机关申请复议。上一级税务机关应当自收到复议申请之日起六十日内作出复议决定。对复议决定不服的，可以在接到复议决定书之日起十五日内向人民法院起诉。”考虑当前各单行法律对行政机关作出的各类具体行政行为不服申请行政复议期限的不同规定，适当地延长了申请期限的规定，使各单项法律关于复议申请期限的规定基本上都纳入了行政复议法的规定范围，有利于行政复议期限的基本统一。
但需要注意的是，行政复议法实施以后，单行法律规定的复议申请期限少于“六十日”的，应当依照行政复议法修改延长到“六十日”，如果单行法律尚来不及修改的，具体复议工作中也应当依照行政复议法的规定执行。因为行政复议法第四十二条规定：“本法施行前公布的法律有关行政复议的规定与本法的规定不一致的，以本法的规定为准。”此外，第九条还规定“法律规定的申请期限超过六十日的除外”，这为个别特殊的行政管理领域需要延长复议申请期限提供了法律依据。