农村秸秆还田的弊端主要有：
1、秸秆燃烧会污染空气，但是秸秆还田的时候，一样会产生大量的漂浮物，甚至飘的农民家里都是，这难道不算是污染。
2、秸秆中往往带有害虫的虫卵或者是幼虫，还田后这些害虫会影响下一季度作物的生长。
3、秸秆还田后，粉碎的秸秆不能达到理想的程度，大量半碎不碎的秸秆影响种植。
4、大量的秸秆碎末短时间没法腐烂，会影响作物的出芽率。
5、秸秆腐烂周期过长，还田和不还田都要使用化肥，差距不大，还会增加农民负担。
燃烧秸秆是处理秸秆最快的方式，农民也认为燃烧秸秆能够增加土壤肥力。但是专家认为燃烧秸秆，会破坏土壤结构。
不过现在大力打击燃烧秸秆，燃烧秸秆的也少了，倒是有养殖场来拉秸秆，拉回去喂牛。